一、外顯子測序?qū)嶒炌獍?wù)介紹
外顯子組測序（exome-seq）是對定向富集的基因組DNA進(jìn)行高通量測序大型，它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進(jìn)行拷問服務效率。2009年，外顯子組捕獲工具的出現(xiàn)重要意義，讓外顯子組測序這種技術(shù)迅速紅起來統籌發展。到目前為止，已有超過1萬個外顯子組被測序體系。
如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑生產製造，包括羅氏NimbleGen、安捷倫攜手共進、Illumina共同，還有zui近的華大基因。這些方法究竟孰優(yōu)孰劣經過，斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系的研究人員對市場上三個主流的外顯子組測序平臺進(jìn)行了比較簡單化。該研究結(jié)果發(fā)表在《Nature Biotechnology》上。研究人員利用安捷倫明確了方向、Illumina和NimbleGen的外顯子組測序平臺對同一個人類血液樣品進(jìn)行分析優勢。他們的結(jié) 果表明，NimbleGen平臺作為*一個使用高密度重疊探針的平臺增產，盡管覆蓋了較少的基因組區(qū)域便利性，但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也zui少。在同樣獲得80M測序數(shù)據(jù)的情況下行動力，NimbleGen有97%的目標(biāo)序列達(dá)到10x以上的測序深度提供有力支撐，而其他產(chǎn)品只有90%。而安捷倫和Illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數(shù)量的變異保供。此外自行開發，Illumina還捕獲了未翻譯的區(qū)域，這是NimbleGen和安捷倫平臺無法靶定的引領。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測序和全基因組測序（WGS）自動化裝置，顯示外顯子組測序能夠檢測到WGS錯過的小變異。
除了文中提到了三個主流平臺應用前景，外顯子組捕獲方面的新產(chǎn)品也在不斷推出有很大提升空間，研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏NimbleGen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產(chǎn)品首次。這一新產(chǎn)品將可捕獲64M的基因組序列可能性更大，包括所有外顯子以及miRNA部署安排，它含與其他NimbleGen液相捕獲產(chǎn)品相同的2.1M高密度探針，以確保高效技術、均一推廣開來、特異、全面的定向捕獲相對較高。
為了讓研究人員更輕松更經(jīng)濟(jì)地利用定向外顯子組測序資源配置，Illumina提供了TruSeq Exome EnrichmentKit，一種溶液型的序列捕獲方法相關，利用雜交選擇分離出人類基因組中的目的外顯子區(qū)域大力發展。TruSeq Exome Enrichment Kit提供了迄今為止zui為全面的外顯子組覆蓋度。
二綠色化、外顯子測序?qū)嶒炌獍?wù)分析項目
標(biāo)準(zhǔn)分析項目
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控和篩選
2. 與參考基因組比對不同需求，得到測序深度Reads分布和覆蓋度統(tǒng)計
3.SNP發展、small Indel檢測
4.SNP保持穩定、small Indel矯正
外顯子測序?qū)嶒炌獍?wù)
高級分析項目
可信位點篩選；
體細(xì)胞突變位點篩選（癌癥）
位點注釋（鄰近基因區(qū)域與功能注釋面向、鄰近結(jié)構(gòu)域注釋支撐作用、鄰近順勢調(diào)控區(qū)域注釋、編碼區(qū)內(nèi)位點的變異類型建設項目；變異位點保守性檢測最為突出、變異位點風(fēng)險評估）
數(shù)據(jù)集圖片類型統(tǒng)計（多樣本）
變異位點區(qū)域分布（多樣本）
高頻變異位點/基因統(tǒng)計（多樣本）
GWAS分析（大樣本量）
