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lncRNA測序實驗外包服務

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一積極影響、lncRNA測序實驗外包服務服務介紹

長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長度大于200 nt的RNA緊密協作,位于細胞核內(nèi)或胞漿中越來越重要,不參與蛋白質(zhì)編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調(diào)控穩定性、轉錄調(diào)控以及轉錄后調(diào)控等)調(diào)控基因的表達水平像一棵樹,在生命活動中具有重要作用。

長鏈非編碼RNA測序(long non-coding RNA sequencing去突破,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對富集到的 RNA進行文庫構建達到,再對高通量測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進行信息分析的研究方法智能設備。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中幾乎全部的lncRNAs信息,對lncRNAs的類別蓬勃發展、功能進行*的深入分析特點,從而快速全面準確地獲得與特定生物學過程(例如發(fā)育、疾病等)相關 lncRNA信息。

 

二又進了一步、lncRNA測序實驗外包服務數(shù)據(jù)分析內(nèi)容

標準分析項目

1) 去除接頭序列多種場景、低質(zhì)量序列,得到高質(zhì)量數(shù)據(jù)規劃;

2) 與核糖體數(shù)據(jù)庫比對擴大公共數據,去除核糖體RNA(rRNA)數(shù)據(jù)

3) 轉錄本組裝;

4) 鑒定已知轉錄本(包括已知lncRNA)和新轉錄本全面展示;

5) 預測新的lncRNA重要平臺;

6) lncRNA定量及差異分析(需至少2個樣品);

7) lncRNA差異表達模式聚類核心技術;

高級分析項目

基于互補序列的lncRNA-mRNA互作分析應用提升;

構建重要的lncRNA-mRNA網(wǎng)絡圖;

網(wǎng)絡拓補學分析及網(wǎng)絡模塊分析創造性;

功能富集分析發展的關鍵;

ceRNA預測分析;

 

三規模設備、lncRNA測序實驗外包服務樣品要求

1.樣品類型:細胞帶動產業發展、新鮮組織或RNA樣品。

2.樣品量:細胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個細胞十分落實,組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片倍增效應,RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。

3.樣品質(zhì)量:RNA無明顯降解製造業,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間優化服務策略,濃度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5發展基礎,RIN ≥7兩個角度入手。

4.樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存同期。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中生產效率,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融效果。

5.樣品運輸:樣品置于1.5 ml管中使用,封口膜封好,干冰運輸密度增加。


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