隨著寡核苷酸的應(yīng)用越來越廣泛主要抓手,不少企業(yè)相繼加入寡核苷酸合成的賽道體製。想得到優(yōu)質(zhì)高純度的核酸不是一件簡單的事,寡核苷酸的合成通常會導(dǎo)致不可避免的雜質(zhì)積累創新科技,它們可能會與全長產(chǎn)品競爭服務延伸,或者抑制反應(yīng),因此選擇高效率高質(zhì)量的純化和干燥工藝是很有必要的具有重要意義。那么對于工業(yè)級別的寡核苷酸純化進一步,一般又有哪些方法呢?且聽小編跟您慢慢分享應用創新。
寡核苷酸的應(yīng)用
Oligo即寡核苷酸鏈提高,分子實(shí)驗(yàn)室常用的PCR引物、NGS捕獲探針的特性、qPCR探針和FISH探針等都是寡核苷酸交流。除了引物探針以外,還可作為核酸藥物用于遺傳疾病提供堅實支撐、腫瘤還不大、病毒感染和感覺器官等疾病的治療或預(yù)防。
探針及引物主要用于IVD試劑盒信息化技術,面對需求量巨大的檢測試劑盒發揮作用,上游原材料的質(zhì)量和供應(yīng)速度應(yīng)該同幅度進(jìn)步和增長良好,在引物和探針的制備過程中,提高生產(chǎn)效率以及產(chǎn)物純度更是重中之重勇探新路。
純化方式
對于不同的寡核苷酸鏈單產提升,應(yīng)該如何選擇合適的純化方法?下面列舉了幾種常見的純化方法試驗。
DSL(脫鹽)純化
利用反相C-18層析柱進(jìn)行脫鹽,它對DNA有特異性的吸附開展攻關合作,一些雜質(zhì)製度保障,如氨、鹽的有效手段,不能被吸附統籌推進,所以能有效地去除鹽分等雜質(zhì)。該方法不能有效去除比目的DNA短的小片段關鍵技術,所以適用于要求較低的PCR普通引物了解情況。
圖1:DSL純化制備流程圖
OPC純化
根據(jù)DNA保護(hù)基(DMTr基)和Cartridge柱中樹脂間的親合力作用的原理進(jìn)行純化目的DNA片段。該方法得到目的DNA的純度能達(dá)到95%以上,但受柱容量影響技術研究,適用于40mer以下的普通引物重要的。
圖2:OPC純化制備流程圖
PAGE純化聚彬稀酰胺凝膠電泳
使用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳,對引物DNA進(jìn)行分離姿勢,然后從凝膠中回收目的DNA相互融合。PAGE純化法也是一種非常有效的DNA純化方法,純化后的DNA純度大于90%綠色化,對長鏈(大于50mer)普通引物的純化特別有效不同需求。
圖3:PAGE純化制備流程圖
HPLC高效液相色譜法
根據(jù)寡核苷酸的疏水性對DNA片段進(jìn)行純化分離,該方法能達(dá)到很高的純度和靈敏度建設應用,可以有效去除N-1短片段支撐作用,目標(biāo)DHA的純度大于95%。適用于對純度要求高的短鏈(小于40 mer)普通引物動力、修飾引物同時,尤其適合及熒光標(biāo)記探針的純化。
若想得到純度很高的寡核苷酸片段生產效率,HPLC法也常被用于與其他方式雙重聯(lián)合(如HPLC_PAGE產能提升、HPLC_CE、2xHPLC等)節點。
圖4:HPLC純化制備流程圖
引物干燥過程中的質(zhì)量控制考慮
引物合成純化后都會產(chǎn)生一定的有機(jī)溶劑(如乙腈通過活化、甲醇、水等)的特點,需要采用真空離心濃縮設(shè)備將寡核苷酸干燥成干粉狀健康發展,一般包裝至EP管或者96孔板中有效保障。
圖5:引物生產(chǎn)流程
作為分子診斷qPCR試劑盒中的核心原料,qPCR引物及Taqman探針的質(zhì)量直接影響了靶標(biāo)檢測的準(zhǔn)確性長效機製,所以選擇干燥工藝也十分關(guān)鍵講實踐,在干燥過程的質(zhì)量控制需盡考慮以下幾個(gè)方面:
樣品保護(hù)和溫度控制
在寡核苷酸的干燥過程中,盡量避免加熱源直接照射在樣品上而導(dǎo)致樣品局部過熱奮戰不懈。紅外加熱模式市場開拓,不直接加熱樣品,這樣確保了樣品的溫度不會高于樣品支架的溫度大大縮短,保證了樣品的安全要落實好。SampleShield溫度控制系統(tǒng),采用非接觸式溫度探測用以在整個(gè)離心過程中更默契了,檢測樣品和離心腔的溫度變化先進技術,確保整個(gè)蒸發(fā)過程受到質(zhì)控。
避免交叉污染
由于溶劑蒸發(fā)的過程中不合理波動,低沸點(diǎn)溶劑和混合溶劑容易產(chǎn)生暴沸而導(dǎo)致樣品損失和交叉污染宣講手段,這會直接影響樣品純度。Dri-Pure防爆沸技術(shù)積極拓展新的領域,控制真空度下降梯度和施加500g的離心力配套設備,讓用戶處理96孔板或384孔板等密集型容器時(shí),無需擔(dān)心樣品交叉污染多種方式。
高通量
選用通量高集中展示、干燥效率快的干燥手段對寡核苷酸的制備過程事半功倍,GeneVac濃縮儀可批量處理樣品:一次可以處理幾百個(gè)甚至上千個(gè)樣品體系流動性,全系列產(chǎn)品都有專門適配EP管和96孔板的鋁制實(shí)心轉(zhuǎn)子探索創新。如HT-12一次可以濃縮384個(gè)1.5ml EP管或24塊96孔板,大大提高了研發(fā)和生產(chǎn)效率實現了超越。
自動停機(jī)
在制備大量的寡核苷酸樣品時(shí)新產品,無需值守的自動停機(jī)功能派上用場,使寡核苷酸樣品干燥后立即自動停止蒸發(fā)橋梁作用,為核酸樣品提供雙重保護(hù)機(jī)制長遠所需。
應(yīng)用案例
WTCHG(牛津大學(xué)人類遺傳學(xué)威康信托中心)使用Sequenom MassARRAY®SNP基因分型系統(tǒng)用于SNP分析,樣品前制備過程分別使用風(fēng)干(左)和Genevac?EZ-2真空離心濃縮儀(右)干燥含有寡核苷酸樣品的384孔板讓人糾結。
下圖結(jié)果表明規模,使用EZ-2真空離心濃縮儀干燥寡核苷酸樣品,可以大大降低樣品降解率基石之一,保證樣品不會被污染聯動,消除了樣品損壞的潛在來源。
圖6:在空氣干燥(左)和EZ-2蒸發(fā)器干燥(右)后的序列樣品質(zhì)量分析
*深綠色-高樣本數(shù)據(jù)質(zhì)量
*淺綠色-中等樣本數(shù)據(jù)質(zhì)量
*紅色-樣品質(zhì)量差或無數(shù)據(jù)
圖7:空氣干燥(左)和EZ-2蒸發(fā)器干燥(右)后的SNP分析
Genevac真空離心濃縮儀
離心濃縮作為IVD原料合成制備的關(guān)鍵技術(shù)之一,具有通量高行業內卷、干燥效率高追求卓越、保護(hù)樣品等特點(diǎn),真空離心使?jié)饪s過程都保持在較溫和的環(huán)境中參與能力,提高寡核苷酸的產(chǎn)品純度與收率合理需求,在工藝選擇開發(fā)和放大中建立良好的工藝空間。
一臺高通量真空離心濃縮儀就可以做到濃縮干燥一步到位充分發揮,可以直接作為生產(chǎn)設(shè)備投入到生產(chǎn)中高質量,縮短整個(gè)Oligo制備過程,例如上述實(shí)驗(yàn)中所提到的Genevac?EZ-2真空離心濃縮儀提高。這邊我們?yōu)榇蠹彝扑]下面幾款Genevac旗下的真空離心濃縮儀機構。
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