細(xì)菌質(zhì)粒是一類(lèi)雙鏈即將展開、閉環(huán)的DNA,大小范圍從1kb至200kb以上不等特性。各種質(zhì)粒都是存在于細(xì)胞質(zhì)中傳承、獨(dú)立于細(xì)胞染色體之外的自主復(fù)制的遺傳成份,通常情況下可持續(xù)穩(wěn)定地處于染色體外的游離狀態(tài)更加完善,但在一定條件下也會(huì)可逆地整合到寄主染色體上形式,隨著染色體的復(fù)制而復(fù)制建設應用,并通過(guò)細(xì)胞分裂傳遞到后代支撐作用。
質(zhì)粒已成為目前zui常用的基因克隆的載體分子,重要的條件是可獲得大量純化的質(zhì)粒DNA分子動力。目前已有許多方法可用于質(zhì)粒DNA的提取同時,本實(shí)驗(yàn)采用堿裂解法提取質(zhì)粒DNA。
堿裂解法是一種應(yīng)用的制備質(zhì)粒DNA的方法效高性,其基本原理為:當(dāng)菌體在NaOH和SDS溶液中裂解時(shí)模式,蛋白質(zhì)與DNA發(fā)生變性,當(dāng)加入中和液后提升,質(zhì)粒DNA分子能夠迅速?gòu)?fù)性高品質,呈溶解狀態(tài),離心時(shí)留在上清中支撐能力;蛋白質(zhì)與染色體DNA不變性而呈絮狀資源優勢,離心時(shí)可沉淀下來(lái)。
純化質(zhì)粒DNA的方法通常是利用了質(zhì)粒DNA相對(duì)較小及共價(jià)閉環(huán)兩個(gè)性質(zhì)特征更加明顯。例如估算,氯化銫-溴化乙錠梯度平衡離心、離子交換層析方便、凝膠過(guò)濾層析基礎上、聚乙二醇分級(jí)沉淀等方法,但這些方法相對(duì)昂貴或費(fèi)時(shí)應用領域。對(duì)于小量制備的質(zhì)粒DNA保持競爭優勢,經(jīng)過(guò)*、lv仿抽提發展機遇,RNA酶消化和乙醇沉淀等簡(jiǎn)單步驟去除殘余蛋白質(zhì)和RNA不容忽視,所得純化的質(zhì)粒DNA已可滿(mǎn)足細(xì)菌轉(zhuǎn)化、DNA片段的分離和酶切服務體系、常規(guī)亞克隆及探針標(biāo)記等要求說服力,故在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室中常用搶抓機遇。
一、試劑準(zhǔn)備
1. 溶液Ⅰ: 50mM葡萄糖表示,25mM Tris-HCl(pH 8.0)全面闡釋,10mM EDTA(pH 8.0)。1M Tris-HCl(pH 8.0)12.5ml競爭力所在,0.5M EDTA(pH 8.0)10ml引人註目,葡萄糖4.730g,加ddH2O至500ml溝通機製。在10 lbf/in2高壓滅菌15min 好宣講,貯存于4℃。
2. 溶液Ⅱ:0.2N NaOH領先水平,1% SDS。2N NaOH 1ml,10%SDS 1ml戰略布局,加ddH2O至10ml事關全面。使用前臨時(shí)配置。
3. 溶液Ⅲ:*(KAc)緩沖液狀態,pH 4.8技術節能。5M KAc 300ml,冰醋酸 57.5ml廣泛認同,加ddH2O至500ml國際要求。4℃保存?zhèn)溆谩?br />
4. TE:10mM Tris-HCl(pH 8.0),1mM EDTA(pH 8.0)鍛造。1M Tris-HCl(pH 8.0)1ml競爭激烈,0.5M EDTA(pH 8.0)0.2ml,加ddH2O至100ml新的動力。15 lbf/in2高壓濕熱滅菌20min的過程中,4℃保存?zhèn)溆谩?br />
5.*/lv仿/異戊醇(25:24:1)
6.乙醇(無(wú)水乙醇、70%乙醇)
7. 5×TBE:Tris 堿54g廣泛關註,硼酸27.5g促進進步,EDTA-Na2·2H2O 4.65g,加ddH2O 至1000ml優勢領先。15 lbf/in2高壓濕熱滅菌20min迎來新的篇章,4℃保存?zhèn)溆谩?br />
8.溴化乙錠(EB):10mg/ml
9.RNase A(RNA酶A):不含DNA酶(DNase-free) RNase A的10mg/ml,TE配制推動並實現,沸水加熱15min薄弱點,分裝后貯存于-20℃。
10. 6×loading buffer(上樣緩沖液):0.25%溴酚藍(lán)優化程度,0.25%二甲苯青FF積極性,40%(W/V)蔗糖水溶液奮勇向前。
11. 1% 瓊脂糖凝膠:稱(chēng)取1g瓊脂糖于三角燒瓶中,加100ml 0.5×TBE實施體系,微波爐加熱至*溶化組建,冷卻至60℃左右,加EB母液(10mg/ml)至終濃度0.5靏/ml(注意:EB為強(qiáng)誘變劑效果較好,操作時(shí)帶手套)重要的意義,輕輕搖勻。緩緩倒入架有梳子的電泳膠板中等多個領域,勿使有氣泡再獲,靜置冷卻30min以上,輕輕拔出梳子應用擴展,放入電泳槽中(電泳緩沖液0.5×TBE)體驗區,即可上樣。
二進一步意見、操作步驟
1. 挑取LB固體培養(yǎng)基上生長(zhǎng)的單菌落增幅最大,接種于2.0ml LB(含相應(yīng)抗生素)液體培養(yǎng)基中共享應用,37℃生產能力、250g振蕩培養(yǎng)過(guò)夜(約12-14hr)。
2.取1.5ml培養(yǎng)物入微量離心管中示範推廣,室溫離心8000g×1min處理方法,棄上清,將離心管倒置持續向好,使液體盡可能流盡習慣。
3.將細(xì)菌沉淀重懸于100靗預(yù)冷的溶液Ⅰ中,劇烈振蕩進展情況,使菌體分散混勻的積極性。
4.加200靗新鮮配制的溶液Ⅱ,顛倒數(shù)次混勻(不要?jiǎng)×艺袷?至關重要,并將離心管放置于冰上2-3min不久前,使細(xì)胞膜裂解(溶液Ⅱ?yàn)榱呀庖海孰x心管中菌液逐漸變清)提升行動。
5.加入150靗預(yù)冷的溶液Ⅲ能力建設,將管溫和顛倒數(shù)次混勻,見(jiàn)白色絮狀沉淀研究進展,可在冰上放置3-5min無障礙。溶液Ⅲ為中和溶液,此時(shí)質(zhì)粒DNA復(fù)性快速融入,染色體和蛋白質(zhì)不可逆變性認為,形成不可溶復(fù)合物系統,同時(shí)K+使SDS-蛋白復(fù)合物沉淀。
6.加入450靗的*/lv仿/異戊醇重要意義,振蕩混勻形式,4℃離心12000g × 10min。
7.小心移出上清于一新微量離心管中不斷完善,加入2.5倍體積預(yù)冷的無(wú)水乙醇數字化,混勻,室溫放置2-5min基礎上,4℃離心12000g×15min各領域。
8.1ml預(yù)冷的70%乙醇洗滌沉淀1-2次,4℃離心8000g×7min保持競爭優勢,棄上清進行培訓,將沉淀在室溫下晾干。
9.沉淀溶于20靗 TE(含RNase A 20靏/ml)長效機製,37℃水浴30min以降解RNA分子法治力量,-20℃保存?zhèn)溆谩?br />
三、質(zhì)粒DNA的電泳檢測(cè)
觀察瓊脂凝膠中DNA的zui簡(jiǎn)單方法是利用熒光染料溴化乙錠進(jìn)行染色改造層面。該物質(zhì)含有一個(gè)可以嵌入DNA的堆積堿基之間的一個(gè)平面基團(tuán)供給,這個(gè)基團(tuán)的固定位置及其與堿基的密切接近,導(dǎo)致染料與DNA結(jié)合并呈現(xiàn)熒光經驗分享,其熒光產(chǎn)率比游離染料溶液有所增加解決方案。DNA吸收254nm處的紫外輻射并傳遞給染料,而被結(jié)合的染料本身則在302nm和366nm有光吸收有力扭轉。這兩種情況下上高質量,被吸收的能量可在可見(jiàn)光譜紅橙區(qū)的590nm處重新發(fā)射出來(lái)。因此廣度和深度,當(dāng)凝膠中含有游離溴化乙錠時(shí)即可以檢測(cè)到少量的DNA深入交流。
取制備的質(zhì)粒DNA 1-2靗,加適當(dāng)loading buffer混勻上樣,采用 1-5V/cm的電壓加強宣傳,使DNA分子從負(fù)極向正極移動(dòng)至合適位置臺上與臺下,取出凝膠置紫外燈下檢測(cè),攝片設計能力。
四品牌、注意事項(xiàng)
本裂解法小量制備質(zhì)粒 DNA重復(fù)性好,一般無(wú)麻煩更為一致。若所提取質(zhì)粒 DNA不能被限制性?xún)?nèi)切酶切割等形式,可通過(guò)酚/lv仿再次抽提,以清除雜質(zhì)來(lái)解決問(wèn)題。