一解決方案、轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)外包服務(wù)介紹
轉(zhuǎn)錄組即某個(gè)物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA的總和優勢，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。與基因組不同的是，轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時(shí)間和空間的限定便利性。同一細(xì)胞在不同的生長時(shí)期及生長環(huán)境下方法，其基因表達(dá)情況是不*相同的。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序信息化技術，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本發揮作用。相對于傳統(tǒng)芯片而言，RNA-Seq無需預(yù)先設(shè)計(jì)探針逐步顯現，即可對任意物種的任意細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行檢測銘記囑托，能夠提供更精確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍自動化裝置，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具示範。
二、轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)外包服務(wù)操作流程
1. 全轉(zhuǎn)錄組總RNA提扔泻艽筇嵘臻g∵\行好；
2. mRNA分離和文庫構(gòu)建；
3. 高通量測序的有效手段；
4. 數(shù)據(jù)處理與生物信息學(xué)分析統籌推進；
5. 測序報(bào)告生成
三、轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)外包服務(wù)生物信息分析
(一)無參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組
1. 標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1) 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭序列及低質(zhì)量reads的處理關鍵技術；
2) 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)及測序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評估了解情況；
3) 進(jìn)行基因表達(dá)定量分析
4) 組裝結(jié)果分析；
5) Unigene功能注釋及COG分析技術研究；GO分類重要的；pathway分析；NR分析姿勢；Swissprot分析
6) Unigene表達(dá)差異分析相互融合；
7) 差異基因的表達(dá)模式聚類分析
8) 差異表達(dá)基因的GO功能富集分析和Pathway富集性分析；
9) 差異表達(dá)基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析綠色化；
10) SNP分析
2. 高級分析
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析不同需求，及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建和重要TF分析；
通路交互網(wǎng)絡(luò)分析保持穩定，重要通路分析總之。
差異表達(dá)基因共表達(dá)分析，構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖
轉(zhuǎn)錄因子活性分析支撐作用，預(yù)測zui重要的轉(zhuǎn)錄因子研學體驗；
基因共上游調(diào)控元件預(yù)測
miRNA預(yù)測，預(yù)測調(diào)控靶基因的重要miRNA
轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)外包服務(wù)主成分分析
(二)有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組
1. 標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1) 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理
2) 參考基因組比對
3) 進(jìn)行基因表達(dá)定量分析
4) 可變剪切分析（真核）
5) 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測：新mRNA和新lncRNA預(yù)測
6) 差異表達(dá)基因分析（2個(gè)或者2個(gè)以上的樣本）
7) 差異基因的表達(dá)模式聚類分析
8) 差異基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析
9) 差異基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析
10) SNP分析
2. 高級分析
lncRNA-mRNA表達(dá)關(guān)聯(lián)性分析最為突出，及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建落實落細；
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析自動化，及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建和重要TF分析；
通路交互網(wǎng)絡(luò)分析高品質，重要通路分析不折不扣。
差異表達(dá)基因共表達(dá)分析，構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖
轉(zhuǎn)錄因子活性分析資源優勢，預(yù)測zui重要的轉(zhuǎn)錄因子有效保障；
基因共上游調(diào)控元件預(yù)測
miRNA預(yù)測，預(yù)測調(diào)控靶基因的重要miRNA
主成分分析
藥物小分子預(yù)測分析（適用于人類）長效機製，得到zui相關(guān)的藥物小分子。
四數字技術、樣品要求
1）樣品類型：細(xì)胞奮戰不懈、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品的量：細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個(gè)細(xì)胞措施，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片大大縮短，RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。
3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解緊密相關，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間更默契了，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5培訓，RIN ≥ 8不合理波動。
4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存重要工具。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中積極拓展新的領域，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融更優質。
5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸交流。
